W czasie powstania warszawskiego kościół pw. św. Jacka przy ul. Freta mieścił filię Centralnego Powstańczego Szpitala Chirurgicznego. Służyła obrońcom oblężonego przez Niemców Starego Miasta. W świątyni zgromadziła się też ludność cywilna, która szukała tutaj schronienia.

Tuż obok, w klasztorze mieściła się siedziba dowódcy grupy „Północ” pułkownika Aleksandra Ziemskiego ps. Wachnowski. Stąd dowodził obroną Starówki.

W sobotę 26 sierpnia 1944 r. o godz. 17. Niemcy przeprowadzili kolejny tego dnia nalot na Stare Miasto. Bomby spadły też na kościół. “Rozpadł się główny ołtarz i zawaliło sklepienie nawy głównej, zginęło zasypanych wielu rannych i chroniących się tu mieszkańców Starówki” – napisał Władysław Bartoszewski w “Dniach walczącej Warszawy. Kronice Powstania Warszawskiego”.

Pamiętamy dziś o tej tragedii.